Los reglamentos y procedimientos de control de tránsito aéreo aplicables a la FIR LIMA, se ajustan a las normas y métodos recomendados de los anexos 2 y 11 del convenio de Aviación Civil internacional y las partes aplicables de los Procedimientos para los Servicios de navegación Aérea – Gestión del Tránsito  Aéreo (PANS-ATM Doc.4444 de OACI) aplicables en la Región SAM, excepto en los casos enumerados de GEN 1.7

Se aplicarán a las operaciones de vuelo el tiempo universal coordinado (UTC) y lo expresarán en horas y minutos del día de 24 horas. En el Perú por su posición geográfica comienza el día (00:00 UTC) a las 19:00 horas locales. Las unidades de medida son las del sistema métrico decimal, y la velocidad de viento en nudos.

Para desempeñar el servicio de información de vuelo y el servicio de alerta, se establece el espacio aéreo controlado y no controlado, según la extensión de los servicios de transito aéreo que se mantengan allí, basándose en la clasificación descrita en la sección ENR 1.4. 

Dentro del espacio aéreo controlado, los servicios de transito aéreo pueden prohibir total o parcialmente los vuelos VFR con respecto a la limitación del espacio y del tiempo, si lo requiere urgentemente el grado de intensidad del tránsito aéreo sometido al control de tránsito aéreo.

Dentro del territorio Peruano se han establecido zonas prohibidas (SPP), zonas restringidas (SPR) y zonas peligrosas (SPD) para evitar peligros que afecten la seguridad o el orden público, especialmente la seguridad del tránsito aéreo dichas zonas se publican en la parte ENR 5.

La DGAC podrá autorizar la reservación temporal de espacios aéreos, fijo o variable, para operaciones militares o civiles. La coordinación entre usuario y la DGAC debe hacerse con 7 días de anticipación como mínimo, a efectos de proporcionar información de vuelo y emitir NOTAM respectivo.